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AU COEUR DES PROTEINES

 

AU  COEUR   DES  PROTEINES

 

DOCUMENT   PEDAGOGIQUE

 

Texte de la 31ème conférence de l'Université de tous les savoirs réalisée le 31 janvier 2000 par Axel Kahn

Les enjeux éthiques de la génétique

De tous temps, les sciences de la vie ont eu une résonance individuelle, sociale et parfois politique toute particulière. Cest que le monde vivant, auquel appartient lHomme, est traditionnellement considéré comme relevant du domaine divin. Dailleurs, le vitalisme, un système de pensée excluant lessence de la vie des processus physico-chimiques sappliquant au monde inanimé, a persisté jusquau début de notre siècle, survivant donc pendant plusieurs centaines dannées à lémergence de lesprit scientifique en Europe au XVIIème siècle.

Au XIXème siècle, la théorie de lévolution, qui sapplique à lHomme et le dépossède donc de son privilège de créature à limage de Dieu, a constitué une onde de choc dont les effets se font encore sentir aujourdhui. En effet, les grandes idéologies qui ont si cruellement marqué le XXème siècle, notamment leugénisme et le racisme, ont massivement emprunté à la science de lévolution ce qui leur semblait de nature à conforter leurs préjugés.

La génétique, cest-à-dire létude des lois gouvernant la transmission des caractères héréditaires, est une science encore plus récente puisque, issue des travaux de Gregor Mendel en 1865, elle nest redécouverte, indépendamment de ceux-ci, quau début du XXème siècle. A dire vrai, la génétique a plus modifié lénoncé des idéologies enracinées dans une conception pervertie de lévolution quelle ne les a créées. Il nempêche que cette science, appliquée à lhomme, se fixe pour objectif de déterminer lorigine des caractères humains, des similitudes et des différences, de leur transmission au travers du lignage. Toutes ces questions sont probablement de celles que se posent les communautés humaines depuis lorigine si bien que, après le concept de lévolution, la science génétique devait avoir sur lhistoire du XXème siècle plus de répercussions que tout autre science. Le gène est en effet rapidement devenu lélément de base matérialisé des vieilles conceptions déterministes et des projets eugénistes et racistes. Depuis la nuit des temps, les hommes considèrent que le destin est écrit. Avec la génétique, na-t-on pas reconnu quil létait dans le langage des gènes ? Leugénisme, cest-à-dire la mise en Suvre de politiques volontaires damélioration des sociétés humaines, a dès lors été entendu comme lensemble des activités visant à limiter la diffusion des mauvais gènes dans la population. Les races, considérées antérieurement comme inférieures car à un niveau moindre de lévolution humaine, se sont vues définies par leur faible qualité génétique. Chacun se rappelle les horreurs commises au nom de leugénisme et du racisme, au nom des gènes ! Après guerre, leffroi des sociétés démocratiques à la découverte de létendue des dégâts provoqués par ces idéologies devait largement libérer les sciences biologiques, notamment la génétique, de leur gangue idéologique.

La théorie de lévolution permet de prévoir que les mécanismes gouvernant tous les organismes vivants sont de même nature, puisque tous les êtres dérivent dune même forme de vie originelle. Cest ce que confirme luniversalité du code génétique, cest-à-dire des règles permettant dexpliquer les propriétés biologiques des cellules vivantes à partir de lenchaînement des lettres qui constituent leur matériel génétique. A partir de 1973, la réunion des outils du génie génétique aboutit à une confirmation supplémentaire des déductions tirées de la théorie de lévolution. Tout gène, appartenant à quelque être vivant que ce soit, peut fonctionner lorsquil est transféré dans un autre organisme vivant. Cela signifie quil est possible dasservir génétiquement nimporte quel être à lexpression du programme génétique dun autre être vivant, simplement par transfert de gènes. Cest alors lexplosion des progrès de la biologie durant les vingt cinq dernières années de notre siècle, qui trouvent une illustration éloquente dans les programmes génomes.

Avant deux à trois ans, on connaîtra lenchaînement des quelques 3,4 milliards de lettres constituant notre génome, cest-à-dire les molécules dADN de nos chromosomes qui forment le support moléculaire de nos quelques 80.000 à 140.000 milles gènes. Les enjeux éthiques de ces avancées scientifiques découlent à la fois du caractère sensible de la génétique, proie idéale pour toute les idéologies de la stigmatisation, et de lampleur des connaissances et outils nouveaux engendrés. A lheure du génie génétique et des programmes génomes, il existe sur le plan biologique une unité profonde du monde vivant à laquelle néchappe pas lunivers de lHomme, accessible aux mêmes méthodes détude et de modification génétique que nimporte quel autre organisme, animal, végétal ou microbien. La quête de lessence humaine dans les méandres du génome est donc condamnée à léchec, aboutissant à la négation de la spécificité de lhumain. Loeil rivé sur les gènes et le fonctionnement des cellules, le biologiste risque de négliger ce qui est le plus caractéristique du processus dhominisation, cest-à-dire lédification en dehors du mammifère humain, de ses gènes, du monde symbolique, culturel et des connaissances, enrichi génération après génération par lHomme. Ce nest quaprès imprégnation par cet univers intellectuel quil a progressivement créé que le primate Homo sapiens shumanise. Cependant, bien entendu, ce sont les propriétés biologiques du cerveau humain, inscrites dans les gènes de lHomme, qui gouvernent sa sensibilité aux empreintes symboliques, culturelles et éducatives. En retour, ainsi configurées par acculturation, ce sont les capacités mentales de lHomme qui lui permettent de contribuer à lenrichissement de lunivers culturel et des connaissances.

Le danger est grand que tous ceux qui sont déjà persuadés que le destin humain est déterminé par sa dimension biologique se trouvent confortés dans leurs préjugés par une certaine présentation du programme génome humain et par linterprétation rapide de nombre détudes génétiques, en particulier celles portant sur les comportements. Le destin est écrit, pensaient les Grecs. Il est inscrit dans des êtres biologiques soumis aux mécanismes de lévolution, propose la lecture sociobiologique du darwinisme. Il peut être lu dans ce grand livre de lHomme quest le génome humain, se laissent parfois aller à affirmer des généticiens imprudents ou idéologiquement marqués.

La réalité dun tel danger est illustré pratiquement chaque semaine dans les publications scientifiques et le compte-rendu quen font les médias généralistes. On apprend en effet quont été localisés, identifiés, voire manipulés les gènes de lamour maternel, de la violence, de la curiosité intellectuelle, de la fidélité masculine, de lhomosexualité ... voire de lintelligence. En fait, les progrès récents de la génétique et de la neurobiologie moléculaire ne disent rien de tel. Ce que gouvernent les gènes humains, cest la plasticité cérébrale, cest-à-dire la sensibilité du cerveau de lHomme aux impressions laissées par le milieu socioculturel. Ils sont ainsi le moyen de desserrer létau des comportements innés auxquels sont si étroitement assujettis les mammifères non humains. A ce titre, les gènes humains sont plus le moyen de la liberté que sa limite.

Il nempêche quil serait également déraisonnable de refuser toute forme de déterminisme génétique : les gènes, et cest là leur définition, sont bien des déterminants de propriétés biologiques. Le fait que celles-ci dépendent souvent de lintervention de plusieurs gènes et varient en fonction du contexte de lenvironnement nenlève rien à cette réalité qui fonde la science génétique. En médecine, cela se manifeste par le fait quil est possible de ranger toutes les maladies humaines sur une échelle. A gauche de celle-ci se trouvent les affections qui sont presque totalement déterminées par laltération dun gène. Toute personne ayant hérité dun ou de deux gènes altérés de ses parents, suivant le type de transmission génétique, développera la maladie. Tel est le cas de l hémophilie, de la mucoviscidose, de la myopathie de Duchenne, de la chorée de Huntington ...etc. Un peu à droite de cette position se placent des maladies qui sont très dépendantes de laltération dun gène, mais dont la «pénétrance» cest-à-dire ici le risque associé nest pas total. Ainsi, des personnes ayant hérité dune copie dun gène muté de susceptibilité au cancer du sein ou du colon auront entre 50 et 75% de chances de développer de telles tumeurs, mais certaines personnes y échapperont. Encore plus à droite se situent nombre daffections communes qui sont en partie déterminées par la constitution génétique, souvent par plusieurs gènes, mais également en très grande partie par les habitudes de vie et lenvironnement. On peut citer ici la sensibilité aux infections, à de très nombreux cancers, aux maladies cardio-vasculaires, à lathérosclérose, à lhypertension artérielle, aux formes communes du diabète et de lobésité et, probablement, à nombre de maladies psychiatriques. Enfin, tout à fait à droite de notre échelle on range des maladies sans fondement génétique, dorigine avant tout toxique ou accidentelle. La grande fréquence des affections possédant des déterminants génétiques, absolus ou relatifs, est à lorigine de lessor de ce qui a été appelé «médecine prédictive», ou bien, pour utiliser une désignation mieux appropriée, médecine de prévision. Lorsque la possibilité de prévoir la survenue dune maladie permet de léviter, ou bien den atténuer la gravité, une telle prévision génétique constitue un plein succès de la médecine. Cependant, fréquentes sont les situations ou prévoir ne permet pas encore de prévenir. Lourdes de menaces pour léquilibre psychique des personnes, de telles prévisions débouchant sur limpuissance thérapeutique nont guère dintérêt médical. Cependant, la possibilité de prévoir le destin biologique des individus a un intérêt considérable pour nombre de secteurs dactivité : lassurance privée, qui gagnerait à établir des groupes homogènes de risques dont les membres seraient assujettis à des tarifs différentiels, la sélection des candidats à un emploi salarié, si les tests génétiques permettaient doptimaliser ladéquation entre les employés et le poste de travail ; le prêt bancaire...etc. La généralisation de telles pratiques, dont la logique économique est indéniable, aboutirait ni plus ni moins à un bouleversement de nos sociétés. En effet, lillusion selon laquelle tous les hommes naissent et demeurent égaux en dignité et en droit serait abandonnée puisque les droits réels des personnes ne seraient plus que ceux que leur laissent leurs gènes.

Le développement des recherches en génétique humaine offre bien entendu des outils dune redoutable efficacité pour poursuivre par dautres moyens les vieux desseins eugéniques. Au-delà du diagnostic prénatal de maladies génétiques gravissimes, la tentation se fait jour de soumettre plus généralement les embryons humains à un tri sur la base de caractéristiques moins pathologiques, voire totalement physiologiques tel que le sexe. Ce qui est en cause ici, cest lessentielle irréductibilité des caractéristiques de chaque individu à la volonté normative de tiers, fussent les parents. La prédétermination par ceux-ci du sexe et de laspect dun enfant à naître serait naturellement portée à son maximum par lutilisation du clonage humain à visée reproductive.

Leugénisme à lheure de la génétique, nous lavons vu, revient à lamélioration du potentiel génique dun lignage humain. Le moyen en a été jusqualors la sélection. Le mythe dun eugénisme positif se fixant pour but non pas lélimination des sujets au patrimoine insuffisant, mais laugmentation du potentiel génique par apport de gènes «améliorateurs» est ancien et semble même gagner aujourdhui en consistance, sinon scientifique au moins idéologique. Sur le plan scientifique, les qualités proprement humaines, laptitude à créer du sens, de la beauté, de la bonté sont à lévidence irréductibles à la manipulation grossière de quelques gènes. Cependant on a pu lire à la fin de lannée 1999 sous la plume de certains des auteurs et philosophes les plus éminents du moment lénoncé de scénarios prévoyant une telle modification biotechnologique de lhomme. A ce degré de diffusion du mythe, il devient une réalité sociale et une menace idéologique.

En conclusion, la génétique en elle-même ne dit rien de bien nouveau sur la nature humaine qui ne soit déjà implicite dans la théorie de lévolution. En revanche, elle engendre une série de données et doutils, moralement neutres par eux-mêmes, mais dont laccaparement par les vieilles idéologies du déterminisme, de la stigmatisation et de lexclusion est particulièrement aisé et dangereux. En ce sens, le généticien, conscient de la susceptibilité particulière de son domaine scientifique aux récupérations idéologiques, a une responsabilité élective : non seulement réaliser du mieux quil le peut une science qui fasse honneur au génie humain, mais aussi simpliquer pour la présenter au public, expliquer ce quelle signifie et ce quil est illégitime de lui faire dire. En tant que citoyen, il reviendra ensuite au généticien de prolonger ce travail de recherches et dexplications par un combat citoyen contre toutes les tentatives dasservir lHomme. Sil est parfaitement illégitime de faire dire à la génétique que nous sommes tous prisonniers de nos gènes, la science ne suffit pas non plus à fonder lexigence de liberté. A ce stade, lengagement est dautre nature. Il est moral.

 

Voyage au centre des protéines
Les protéines sont les principaux acteurs du vivant, non seulement par leur quantité, mais surtout par la diversité des fonctions qu'elles exercent, allant de la catalyse de réactions chimiques jusqu'à la structuration de la matière vivante. Elles sont formées de longues chaînes d'acides aminés, qui se replient dans l'espace ; et cette structure tri-dimensionnelle est à la base de la fonction assurée par la protéine. Connaître la structure aux détails atomiques près, comprendre ses propriétés dynamiques, suivre les changements de conformation d'une protéine en action, intégrer ces connaissances aux données biochimiques et fonctionnelles constituent le coeur de la biologie structurale et permet d'avancer considérablement dans la compréhension de la fonction des protéines. Au cours de cet exposé, après avoir introduit quelques notions de base sur la composition des protéines, nous montrerons l'apport de la physique aux méthodes expérimentales permettant de sonder la structure des protéines et illustreront ensuite l'intérêt de ces études par quelques exemples.

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A V C

 

Chaque année en France, 130 000 personnes sont victimes d'un accident vasculaire cérébral (AVC). Parmi les AVC dits hémorragiques, près de 60% des patients sont confrontés à une récidive dans les 3 à 10 jours qui suivent la première attaque, en raison de l'apparition d'un vasospasme cérébral. Il s'agit d'une constriction des vaisseaux sanguins du cerveau, fatale dans 40% des cas…
Jusqu'à présent, les médecins ignoraient la cause exacte de cette rechute mais suspectaient certains composés présents dans le liquide céphalo-rachidien. En condition normale, le liquide céphalo-rachidien débarrasse le cerveau de ses déchets, et récupère les éléments nutritifs au niveau d'une "frontière" : la barrière hémato-encéphalique. En effet, l'accident vasculaire cérébral initial entraîne la formation de substances toxiques pour le cerveau. À leur tour, celles-ci contribuent au développement de molécules spécifiques impliquées, semble-t-il, dans le vasospasme et qui ne sont pas éliminées, d'où la récidive... Au banc des accusés : l'hémoglobine, la bilirubine, les lipides peroxydés et un groupe de produits d'oxydation de la bilirubine.
En s'appuyant sur ses premiers travaux menés chez des rats, qui avaient montré que les produits d'oxydation de la bilirubine étaient impliqués dans l'apparition d'un vasospasme cérébral, l'équipe du Dr Joseph Clark, chercheur en neurologie à l'Université de Cincinnati est passée à l'étude sur l'homme. Elle a suivi ainsi un échantillon de 12 malades atteints d'AVC hémorragiques. Dans les 10 jours qui ont suivi leur attaque cérébrale, 4 d'entre eux ont été frappés d'un infarctus secondaire, autrement dit, d'un vasospasme cérébral. Tous présentaient des taux élevés de bilirubine et de produits d'oxydation de la bilirubine. Seul un autre patient, qui avait un taux de bilirubine élevé, n'a pas eu d'AVC secondaire. En effet, son taux de produits d'oxydation de la bilirubine est resté faible.
Ces résultats étaient publiés en mars dans la revue Journal of Cerebral Blood Flow. Selon les chercheurs, malgré le petit nombre de cas humains étudiés ici, la corrélation entre la bilirubine et le stress oxydatif responsable de l'apparition de ces fameux produits d'oxydation de la bilirubine est évidente. De là, il serait possible à l'avenir de développer de nouveaux tests de diagnostic afin d'évaluer quels sont les survivants à un tel type d'AVC qui présentent le plus grand risque de récidive, voire même de mettre au point de nouvelles voies thérapeutiques…

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LA VIE ARTIFICIELLE

 

La vie artificielle


La vie artificielle recouvre un ensemble de réalisations principalement informatiques et robotiques tentant d'incarner dans un matériel non biochimique les processus inhérents au vivant. Parmi ces processus on retrouve des fonctionnalités dites " émergentes ", des processus d'interactions sensori-moteurs avec l'environnement, et des mécanismes évolutifs soit " d'apprentissage " soit " néo-Darwinien ". Sa finalité est triple, d'abord offrir aux biologistes ou chimistes des environnements informatiques qu'ils pourraient facilement paramétrer de manière à simuler les processus naturels qu'ils étudient. Ensuite découvrir de nouvelles lois comportementales propres à ces systèmes à un niveau d'abstraction tel que ces lois s'appliqueraient à un ensemble de systèmes biologiques, par exemple le nombre d'attracteurs comme une fonction du nombre d'unités composant ces systèmes, la tendance intrinsèque à faire émerger des sous-systèmes auto-maintenus ou finalement l'incroyable complexité qui peut apparaître à un certain niveau d'observation de ces systèmes alors qu'au niveau juste en-dessous les mécanismes décrits sont élémentaires. Finalement la nature ayant toujours inspiré l'ingénieur, la dernière motivation est l'apprentissage de nouvelles méthodologies pour la conception d'artefacts de type robotique ou informatique. Généralement, là encore, l'idée est d'utiliser l'informatique pour sa force brute et sa capacité intrinsèque à essayer en un minimum de temps des combinaisons quasi infinies de possibles solutions à un problème, jusqu'à trouver malgré la simplicité de la procédure une solution complexe et inattendue à ce problème. Quelques exemples d'applications comme des robots autonomes, des systèmes de routage sur Internet (inspiré des fourmis), des protections informatiques (inspiré du système immunitaire) seront illustrés.

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LES SINGES

 

Paris, 23 septembre 2011

Les singes raisonnent aussi par analogie


Reconnaître les relations entre les relations, c'est le propre de l'analogie. Que se cache-t-il derrière cette capacité ? Est-elle uniquement humaine ? Une étude menée par Joël Fagot du laboratoire de psychologie cognitive (CNRS/Université de Provence) et Roger Tompson du Franklin & Marshall College (États-Unis) démontre que les singes sont capables de faire des analogies. Leurs résultats viennent d'être publiés dans la revue Psychological Science.
Une chatte prend soin d'un chaton, un oiseau nourrit des oisillons : si le contexte est différent, ces deux situations sont analogues et nous savons conclure qu'il s'agit de la mère et de son petit dans les deux cas. Longtemps, les chercheurs ont pensé que ce type de raisonnement analogique était impossible sans langage et qu'il serait limité à l'homme ou au mieux aux grands singes à qui l'on aurait appris un langage. Pourtant, deux scientifiques Joël Fagot au Laboratoire de psychologie cognitive (CNRS/Université de Provence) et Roger Thompson au Franklin & Marshall College aux États-Unis viennent de démontrer que les singes pouvaient produire des analogies, sans le langage.

Les deux chercheurs ont mené leur expérience auprès de 29 babouins (Papio papio) d'âges variables, pouvant librement effectuer l'exercice proposé (cela représente un grand nombre d'animaux pour ce type d'expérience). Dans un premier temps, les singes observaient deux formes géométriques sur un écran tactile, par exemple deux carrés. Après avoir touché l'une de ces formes, deux paires de formes apparaissaient sur l'écran, telles que : un triangle et une étoile pour la première paire, et deux ovales identiques pour la seconde paire. Pour réussir l'exercice et être récompensé, l'animal devait toucher la paire représentant la même relation (d'identité ou de différence) que la paire initiale (ici, les deux ovales). En d'autres termes, le singe devait détecter des relations entre relations, le propre de l'analogie. Après un apprentissage intensif de plusieurs milliers d'essais, 6 babouins ont répondu correctement à la tâche, démontrant ainsi une capacité à résoudre des problèmes d'analogie. Plus encore, les chercheurs ont suspendu la tâche pendant près d'un an avant de la proposer de nouveau aux babouins. Les singes ont réappris la tâche bien plus rapidement que lors des premiers entraînements, ce qui montre qu'ils se souviennent de la situation.

Ces travaux prouvent donc que l'analogie est possible sans langage. Mais à quoi cette compétence peut-elle servir chez l'animal ? Particulièrement utile au singe et adaptative, cette capacité pourrait notamment servir au transfert de connaissances d'un domaine à l'autre.

 

Références :
Generalized Relational Matching by Guinea Baboons (Papio papio) in two by two-item analogy problems – Roger K. R. Thompson et Joël Fagot, Psychological Science, 20 septembre 2011

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